必ずしもタイムカードの打刻時間をもって、その全てを労働時間として扱う必要はありません。厚生労働省：労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン（平成29年1月20日）においても、タイムカード、ICカード、パソコンの使用時間の記録等の客観的な記録を基礎として、労働時間を確認するよう述べているにとどまります。例えば、始業時刻が9時とされているときに、余裕をもって15分前に出勤することは通常ですので、使用者の指揮命令下に置かれて、業務を命令されていない限りは時間外労働時間とはいえません。なお、8時45分からの朝礼参加を義務付けていたり、フロアの清掃を義務付けているような場合は、15分間については時間外労働となりますので、計算していない場合は未払い残業代が発生します。始業時刻は所定時刻どおりとしつつ、終業時刻はタイムカードの打刻時間を採用するといった方法も考えられますので、ルール等具体的に検討しておく必要があります。
タイムカードによって実労働時間を認定しなかった裁判例
①（地裁：三好屋商店事件）
タイムカードの打刻時間が所定の労働時間の始業もしくは終業時刻より早かったり遅かったとしても、それが直ちに管理者の指揮命令の下にあったと事実上の推定をすることはできない
②（地裁：北陽電機事件）
被告におけるタイムカードも従業員の遅刻・欠勤を知る趣旨で設置されているものであり、従業員の労働時間を算定するために設置されたものではない（中略）同カードに打刻・記載された時刻をもって直ちに原告らの就労の始期・終期と認めることはできない
